GENOMLINE

 DNA giraz veya basitçe giraz, topoizomeraz sınıfındaki bir enzimdir ve çift sarmallı DNA, uzatılan RNA-polimeraz veya öndeki helikaz ile çözülürken, ATP'ye bağlı bir şekilde topolojik gerilimi azaltan Tip II topoizomerazların bir alt sınıfıdır. devam eden çoğaltma çatalı. Enzim, DNA'nın negatif süper-sargısına neden olur veya pozitif süper-sargıları gevşetir. Bunu, bir çaprazlama oluşturacak şekilde şablonu ilmekleyerek, ardından çift sarmallardan birini keserek ve diğerini kırılmayı bırakmadan önce içinden geçirerek, her enzimatik adımda bağlantı sayısını ikişer değiştirerek yapar. Bu işlem, tek dairesel DNA'sı DNA giraz tarafından kesilen ve iki ucu daha sonra süper bobinler oluşturmak üzere birbiri etrafında bükülen bakterilerde meydana gelir. Giraz, ökaryotik plastidlerde de bulunur: sıtma paraziti Plasmodium falciparum'un apikoplastında ve çeşitli bitkilerin kloroplastlarında bulunur. Bakteriyel DNA giraz, nalidiksik asit, novobiyosin ve siprofloksasin dahil olmak

 Antik DNA (aDNA), eski örneklerden izole edilen DNA'dır. Bozunma süreçleri (çapraz bağlanma, deaminasyon ve parçalanma dahil) nedeniyle antik DNA, çağdaş genetik materyale kıyasla daha fazla bozulur. En iyi koruma koşullarında bile, bir üst sınır vardır. bir numunenin dizileme teknolojileri için yeterli DNA içermesi için 0,4–1,5 milyon yıl. donmuş çekirdekler, deniz ve göl çökelleri ve kazı kirleri. Antik DNA Çalışmalarının Tarihi 1980'ler aDNA olarak adlandırılacak olan şeye ilişkin ilk çalışma, 1984 yılında, Russ Higuchi ve Berkeley California Üniversitesi'ndeki meslektaşları, Quagga'nın bir müze örneğinden alınan DNA izlerinin, numunede yalnızca 150 yıl sonra kalmadığını bildirdikleri zaman yapıldı. bireyin ölümü, ancak ayıklanabilir ve sıralanabilir. Önümüzdeki iki yıl boyunca, doğal ve yapay olarak mumyalanmış örnekler üzerinde yapılan araştırmalar yoluyla Svante Pääbo, bu fenomenin nispeten yeni müze örnekleriyle sınırlı olmadığını, görünüşe göre birkaç bin yıl ö

 Helikazlar, tüm organizmalar için hayati önem taşıyan bir enzim sınıfıdır. Ana işlevleri, bir organizmanın genlerini açmaktır. Bunlar, ATP hidrolizinden gelen enerjiyi kullanarak, DNA ve RNA (dolayısıyla helik- + -az) gibi tavlanmış iki nükleik asit zincirini ayıran, bir nükleik asit fosfodiester omurgası boyunca yönsel olarak hareket eden motor proteinlerdir. İplik ayrılmasının katalize edilmesi gereken çok çeşitli süreçleri temsil eden birçok sarmal vardır. Ökaryotik genlerin yaklaşık %1'i helikazları kodlar. İnsan genomu 95 yedeksiz sarmal için kodlar: 64 RNA sarmal ve 31 DNA sarmal. DNA replikasyonu, transkripsiyon, translasyon, rekombinasyon, DNA onarımı ve ribozom biyogenezi gibi birçok hücresel süreç, sarmalların kullanımını gerektiren nükleik asit ipliklerinin ayrılmasını içerir. Fonksiyon Helikazlar genellikle, tavlanmış nükleotit bazları arasındaki hidrojen bağlarının kırılmasıyla karakterize edilen bir işlem olan ATP hidrolizinden gelen enerjiyi kullanarak bir DNA çift

 DNA ligaz, bir fosfodiester bağı oluşumunu katalize ederek DNA zincirlerinin birbirine bağlanmasını kolaylaştıran spesifik bir enzim türüdür, bir ligazdır (EC 6.5.1.1). Canlı organizmalarda dupleks DNA'daki tek zincir kırıklarının onarılmasında rol oynar, ancak bazı formlar (DNA ligaz IV gibi) çift sarmal kopmalarını (yani DNA'nın her iki tamamlayıcı sarmalındaki bir kopma) spesifik olarak onarabilir. Tek iplikli kopmalar, DNA'yı tamamen onarmak için son fosfodiester bağını yaratan DNA ligazıyla, bir şablon olarak çift sarmalın tamamlayıcı ipliği kullanılarak DNA ligaz tarafından onarılır. DNA ligaz, hem DNA onarımında hem de DNA replikasyonunda kullanılır. Ek olarak, DNA ligazı, rekombinant DNA deneyleri için moleküler biyoloji laboratuvarlarında yaygın olarak kullanılmaktadır. Saflaştırılmış DNA ligazı, rekombinant DNA oluşturmak üzere DNA moleküllerini birleştirmek için gen klonlamasında kullanılmaktadır. Enzimatik Mekanizma DNA ligazın mekanizması, bir nükleotidin (&qu

 Bir gen kopyalandıktan (ve ökaryotik bir gense işlendikten) sonra, kodu çözülmeye hazırdır. Çeviri, bir proteinin sentezini yönlendirmek için mRNA'daki nükleotid dizisini kullanan sitozoldeki büyük moleküler kompleksler olan ribozomların işidir. Bu işleme çeviri diyoruz çünkü “dil” “nükleik asit”ten “protein”e dönüşüyor. Ribozom, birkaç rRNA molekülünden oluşan bir çekirdeğin yüzeyinde noktalı düzinelerce küçük protein içeren karmaşık bir moleküler makinedir. Ökaryotik ribozomlar, prokaryotik ribozomlardan biraz daha büyük ve daha karmaşıktır, ancak tüm ribozomlar benzer bir yapıya sahiptir ve aynı temel işlemleri gerçekleştirir. Tipik bir E. coli hücresi yaklaşık 20.000 ribozom içerir (kütlesinin %20'si) ve bir memeli hücresi 10 milyon ribozom içerebilir; bu, hücreler için protein sentezinin önemini gösterir. Bir ribozom, bir mRNA dizisini okumaya nereden başlayacağını nasıl bilir? Ve bir protein oluşturmak için hangi amino asitleri kullanacağını nereden biliyor? Her iki soru

 Topoizomerazlar (veya DNA topoizomerazları), DNA'nın aşırı veya alttan sarılmasına katılan enzimlerdir. DNA'nın sarma problemi, çift sarmal yapısının iç içe geçmiş doğasından kaynaklanmaktadır. DNA replikasyonu ve transkripsiyonu sırasında, DNA bir replikasyon çatalının önüne geçer. Azaltılmazsa, bu torsiyon, sonunda bu süreçlerde yer alan DNA veya RNA polimerazlarının DNA zincirinde devam etme yeteneğini durduracaktır.Çift sarmalın neden olduğu bu tür topolojik sorunları önlemek ve düzeltmek için topoizomerazlar DNA'ya bağlanır ve DNA zincirlerinden birinin veya her ikisinin fosfat omurgasını keser. Bu ara kırılma, DNA'nın çözülmesine veya çözülmesine izin verir ve bu işlemlerin sonunda DNA omurgası yeniden mühürlenir. DNA'nın genel kimyasal bileşimi ve bağlanabilirliği değişmediğinden, DNA substratı ve ürünü, yalnızca global topolojilerinde farklılık gösteren kimyasal izomerlerdir, bu da bu enzimlerin adıyla sonuçlanır.  Topoizomerazlar, DNA topolojisine etki ede

 Nature dergisinde bu hafta yayınlanan yeni bir çalışmada, uluslararası bir araştırmacı ekibi, Sibirya'daki Denisova Mağarası'nın Pleistosen katmanlarından toplanan 700'den fazla tortu örneğinden DNA'yı analiz etti ve 685 yılında antik hominin ve memeli mitokondriyal DNA'sını (mtDNA) tespit etti. ve sırasıyla 175 örnek; hominin mtDNA'sı için en eski kanıt Denisovalılara aittir ve yaklaşık 250.000 ila 170.000 yıl önce birikmiş olan taş aletlerle ilişkilidir; Neandertal mtDNA'sı ilk olarak bu dönemin sonlarına doğru ortaya çıkıyor; yazarlar ayrıca, Denisovalıların mtDNA'sında, faunal mtDNA'nın bileşimindeki değişikliklerle örtüşen bir devir tespit ettiler ve Denisovalıların ve Neandertallerin bölgeyi tekrar tekrar işgal ettiğinin kanıtı - muhtemelen İlk Üst Paleolitik'in başlangıcına kadar veya sonrasında, en az 45.000 yıl önce, modern insan mtDNA'sı tortullarda ilk kez kaydedildiği zaman. Güney Sibirya'daki Denisova Mağarası, Neandertaller

 Kanser, anormal hücrelerin kontrolsüz bir şekilde bölündüğü ve diğer dokuları istila edebileceği bir hastalıktır. Kanserli hücrelerde hücre büyümesini ve bölünmesini düzenleyen mekanizmalar düzgün çalışmaz. Kontrolsüz hücre büyümesi, iki tür başarısızlıktan kaynaklanabilir. Komşu hücrelerde bir araba kazası olabileceği gibi, bu da büyümesinin temasla engellenmediği anlamına gelir. Aslında kanserli hücrelerin ortak bir özelliği, bir hücre kültüründe büyütüldüklerinde üst üste yığılma yetenekleridir. Vücutta bu hücreler bir tümör oluşturur. Bazı kanserli hücreler, hücre döngüsü kontrol noktalarını atlayabilir ve bu nedenle, kromozomları tam olarak kopyalanmadığında veya metafazda düzgün şekilde hizalanmadığında bile bölünmeye devam edebilir. Hücre döngüsünü durdurmanın veya apoptozu tetiklemenin bir yolu olmadan hücreler büyümeye devam eder. Zamanla, eksik veya fazla kromozomlar ve diğer genetik anormallikler birikme eğilimindedir. Kanser tedavisi, bir tümörün cerrahi olarak çıkarılması

Hücre iskeleti - kelimenin tam anlamıyla hücre (sito-) iskeleti - hücreye mekanik destek sağlayan, içeriğini organize eden ve hücrenin değişen ihtiyaçlarına veya çevreden gelen sinyallere yanıt olarak hareketlerini yönlendiren bir protein filamentleri ağıdır.  Hücre iskeleti filamentleri hücre boyunca uzanır ve karmaşık bir yapısal destek ağı oluşturur. Her filament, bir araya gelebilen veya parçalanabilen, ayrıntılı yapıların hücrenin bir bölümünde hızla bir araya getirilmesine ve daha sonra gerektiğinde hücrenin başka bir bölümünde sökülüp yeniden oluşturulmasına izin veren proteinlerden yapılır. Üç temel hücre iskeleti filamenti türü vardır.  Bunların en incesi aktin filamentleridir. Bu esnek filamentler, sitoplazma boyunca çapraz bağlı demetler ve ağlar ve plazma zarının alt tarafına baskı yapan destekleyici bir ağ oluşturur. Aktin filamentleri hücre hareketinde özellikle önemlidir: kas hücrelerinin büzülmesine izin verirler ve plazma zarındaki dışa doğru büyümeleri, hücrelerin bir

  Yaklaşık 66 milyon yıl önce, şu anda Meksika'da bulunan küçük Chicxulub kasabası yakınlarında 10 km (6,2 mil) genişliğinde bir asteroid Dünya'ya çarptı. Bu etki, kuş olmayan dinozorların ve gezegendeki yaşamın %75'inin Kretase sonunda yok olmasıyla sıkı bir şekilde bağlantılı olsa da, Ukrayna'daki daha az bilinen Boltysh çarpma yapısının bu olaylarla zamansal ilişkisi belirsizdir, Kitlesel yok oluştan 2.000 ila 5.000 yıl önce meydana geldi. Science Advances dergisinde yayınlanan yeni bir araştırma, Boltysh etkisinin Kretase sonu kitlesel yok oluşundan 650.000 yıl sonra meydana geldiğini gösteriyor; o zaman, iklim Chicxulub etkisinin ve Deccan Trap volkanizmasının etkilerinden kurtuluyordu.  Boltysh darbe yapısı, 6 km (3,7 mil) çapında bir merkezi yükselme ile yaklaşık 24 km (15 mil) çapındadır. Ukrayna'nın Kivorohrads'ka bölgesinde bulunan yapı, şimdi 500 m'den (1.640 fit) fazla etki sonrası çökeltilerin altında gömülü durumda. Onlarca yıl önce Boltysh'

İngiltere'nin güneyindeki Kent'te keşfedilen 110 milyon yıllık ayak izleri, theropod, ornithopod ve ankylosaurus dinozorları dahil olmak üzere üç tür dinozor tarafından bırakılmıştır.  Fırtınalı koşulların uçurumları ve kıyı sularını etkilediği ve sürekli yeni fosiller ortaya çıkardığı Folkestone'da 110 milyon yıllık (Erken Kretase dönemi) dinozor ayak izleri kayalıklarda ve deniz kıyısında keşfedildi. Paleontolog Profesör David Martill, “Folkestone Formasyonu olarak bilinen katmanlarda ilk kez dinozor ayak izleri bulundu ve bu oldukça sıra dışı bir keşif çünkü bu dinozorlar yok olmadan önce bu ülkede dolaşan son canlılar olurdu” dedi. Portsmouth Üniversitesi Çevre, Coğrafya ve Yerbilimleri Okulu.  Folkestone ayak izlerinin ankylosaurlardan, canlı tanklara benzeyen sağlam görünümlü zırhlı dinozorlardan olduğu düşünülüyor; theropodlar, Tyrannosaurus rex gibi üç parmaklı et yiyen dinozorlar; ve ornitopodlar, pelvik yapıları biraz kuşlara benzediği için bitki yiyen 'kuş ka

Mitokondri, hücresel solunum adı verilen bir süreçte yiyeceklerden enerji çeken zara bağlı organellerdir. Mitokondrinin, bir milyar yıldan daha uzun bir süre önce ilkel bir ökaryotun içinde ikamet eden bir bakteri hücresinin soyundan geldiğine inanılıyor. Kendi DNA'larını bile korurlar. "Modern mitokondrinin ataları, bu karşılıklı yarar sağlayan ortaklığı - endosimbiyoz olarak bilinen bir ilişki - başlattığında, esasen Dünya'daki tüm oksijen tüketen ökaryotların evriminin yolunu açtılar. Mitokondri çeşitli şekil ve boyutlarda gelir ve hücrenin ihtiyaçlarına göre değişebilir. Hücrenin her köşesine enerji sağlayan uzun boru biçimli ağlar oluşturmak için birleşebilirler veya bakteri atalarına benzeyen bireysel birimler oluşturmak için parçalanabilirler. Ve hücreler daha fazla enerji için gereksinimler geliştirdiğinde, mitokondri çoğalır ve sayılarını artırır. Çok fazla enerji tüketen kas hücreleri ve diğer hücreler, hücrelerin o kadar fazla güç gerektirmediğinden çok daha faz

 Bir zamanlar dinozorlarla birlikte yok olduğu düşünülen ilkel, derin deniz balıkları olan Coelacanth'lar bilim adamlarını bir kez daha şaşırttı. Yeni bir araştırmaya göre, bu altı ayak uzunluğundaki "yaşayan fosiller" yüz yıla kadar, yani düşünülenden beş kat daha uzun yaşayabilir. Bilinen iki türden biri olan Afrika Coelacanth'larının ölçeklerinin yeni analizi, yaşam sürelerinin hatalı bir şekilde sadece 20 yıl olarak tahmin edildiğini ortaya koyuyor. Fransa'nın okyanus araştırma enstitüsü IFREMER'den çalışma lideri Kelig Mahe, dişi Coelacanth'ların yavrularını muhtemelen beş yıl, düşünülenden üç yıl daha uzun süre taşıdıklarını ve 55 yıl boyunca yetişkinliğe ulaşmadıklarını söylüyor. (Coelacanth'ın zaman içinde nasıl yavaş yavaş geliştiğini okuyun.) Coelacanth'ın varsayılan kısa ömrü, düşük üreme oranları, yavaş metabolizması ve düşük oksijen emilimi ile hiçbir zaman eşleşmemişti - tüm bunlar derin deniz köpekbalıkları gibi yavaş olgunlaşan deni

Serbest dolaşan virüsler, özellikle de RNA molekülünü kullanarak genetik talimatlarını kodlayan koronavirüsler ve grip virüsleri, insan konak hücrelerinde çoğalırken ortaya çıkan kopyalama hataları nedeniyle sık ve rastgele mutasyona uğrar. Bazı mutasyonlar, virüsün antikorlardan kaçmasını sağlar; bazıları hücreyi enfekte etme yeteneğini geliştirir; diğerleri ise hiçbir fayda sağlamadıkları veya hatta onu zayıflatabilecekleri için fark edilmezler. Delta'nın başarısının anahtarı, varyantın SARS-CoV-2'yi kaplayan ve virüse kendine özgü taç benzeri görünümünü veren spike proteininde biriktirdiği mutasyonların toplanmasıdır. Almanya'daki Leibniz Primat Araştırma Enstitüsü'nde bulaşıcı hastalık biyoloğu olan Markus Hoffmann, bu mutasyonların başak noktasını değiştirdiğini ve sonuç olarak mevcut antikorların bir kısmının bu kadar sıkı veya sık bağlanmayabileceğini açıklıyor. Hoffman ve diğerleri, Delta ve yakından ilişkili Kappa varyantının, önceki enfeksiyon ve aşılama yoluy