GENOMLINE

  Metabolom, tek bir organizma gibi biyolojik bir numune içinde bulunacak küçük moleküllü (<1.5 kDa) metabolitlerin (metabolik ara ürünler, hormonlar ve diğer sinyal molekülleri ve ikincil metabolitler gibi) tam setini ifade eder.  Kelime, transkriptomik ve proteomik ile analoji içinde türetilmiştir; Transkriptome ve proteom gibi, metabolom da dinamiktir, saniyeden saniyeye değişir. Metabolom kolayca tanımlanabilse de, şu anda tüm metabolit aralığını tek bir analitik yöntemle analiz etmek mümkün değildir. Tandem kütle spektrometrisi deneylerinden parçalanma verilerini aramak için ilk metabolit veri tabanı (METLIN olarak adlandırılır), 2005 yılında The Scripps Araştırma Enstitüsü'ndeki Siuzdak laboratuvarı tarafından geliştirilmiştir. METLIN, her biri deneysel tandem kütle spektrometrisi verilerine sahip olan 450.000'den fazla metabolit ve diğer kimyasal varlıkları içerir. 2006 yılında, Siuzdak laboratuvarı ayrıca kütle spektrometrisi metabolomik verilerinin doğrusal olmayan

APOPTOZ NEDİR ? Apoptoz çok hücreli organizmalarda meydana gelen programlanmış bir hücre ölümüdür.[ 1 ] Biyokimyasal olaylar karakteristik hücre değişikliklerine ve ölüme yol açmaktadır.Bu değişiklikler arasında kabarcıklanma, hücre küçülmesi, nükleer parçalanma kromatin yoğunlaşması ve DNA parçalanması mRNA bozulması bulunmaktadır. Ortalama yetişkin bir insan 50 ile 70 milyar bireyi kaybetmekteyiz.8-14 yaş arası ortlama bireyler için günde yaklaşık 20-30 milyar hücre ölmektedir.[ 2 ] Akut hücresel hasardan kaynaklanan ir travmatik hücre ölümü biçimi olan nekrozun aksine, apoptoz bir organizmanın yaşam döngüsü boyunca avantajlar sağlamaktadır. Oldukça düzenlenmiş ve kontrollü bir süreçtir. Mesela, gelişmekte olan bir insan embriyosunda parmakların ve ayak parmaklarının ayrılması, parmaklar arasındaki hücrelerin apoptoza uğraması nedeniyle oluşmaktadır. Nekroz  farklı olarak, apoptoz adlandırılan hücre fragmanlarını üremektedir.[ 3 ] Apoptoz başladıktan sonra duramayacağından, oldukça d

PAGE RNA numuneleri için güçlü bir araçtır.Poliakrilamit jel elektroforezi sonrası denatüre edildekten sonra RNA hakkında bilgi sağlamaktadır.  Poliakrilamit jel elektroforezi bir dizileme deneyinde ortaya çıkan sonlanmış zincir DNA molekül ailelerini incelemek için kullanılmaktadır. Agaroz jel elektroforezi sadece bir nükleotit boyu farklı tek iplikli DNA moleküllerini ayırmak için ihtiyaç duyulan ayrıştırma gücüne sahip olmadığından bu amaçla kullanılamaz. Poliakrilamit jeller agaroz jellerden daha küçük por büyüklüğüne sahiptir ve 10 ila 1500 bç arası moleküllerin hassas ölçüde DNA ayrımları gerektiren, örneğin sadece iki veya üç baz çiftiyle büyüklüğü değişebilen farklı alel ürünleri olan mikrosatellit lokuslarına yönelik PCR' larda amplifikasyon ürünlerinin incelenmesinde de kullanılmaktadır. Poliakrilamit jeller aralayıcılarla ayrı tutulan iki cam levha arasında tabakalar veya kapiler elektroforez için uygun uzun ince kolonlar şekilde hazırlanabilmektedir.                   

Protein Sentezinde Prokaryot ve Ökaryot Arasındaki Farklar  İnsan genom projesi ile "Genom, Genomik, Proteom, Proteomik, Transkriptom, Transkriptomik " gibi terimlerle sık sık karşılaştık. Moleküler biyoloji ve genetik bölümünü okurken açıkçası en zorlandığım derslerden biride "Proteomik" ti üstelik ben bu dersi birinci sınıfın yaz döneminde iken üçüncü sınıf dersi olarak üstten almıştım. Bu süreçte zorlanmamakta kaçınılmazdı. Elimde gerekli notlar bulunmaktaydı. Ancak, tam olarak konuyu kavrayacak bir şekilde değildi. Ben de bu dersi tam anlamak adına ve ders hem prokaryot hem de ökaryotik hücre üzerinden işlendiği için ben de bu iki hücrenin protein sentezi aşamasında aralarındaki farkları çıkarmaya başladım. Sonuç olarak elbette işe yaradı üstten aldığım dersin finalinden yüksek bir puan alarak geçmiştim. Protein sentezinde prokaryot ve ökaryotik hücre farklılıkları ile ilgili çok detaylı bilgilendirici bir site vs. bulamadım. Bu notları tamamen kendim çıkarmış b