Uzun Kodlamayan RNA'lar

Uzun kodlamayan RNA'lar (uzun ncRNA'lar, lncRNA), genellikle proteine çevrilmeyen 200'den fazla nükleotitten fazla transkript olarak tanımlanan bir RNA türüdür.[1][2] Bu keyfi sınır, uzun ncRNA'ları mikroRNA'lar (miRNA'lar), küçük enterferans yapan RNA'lar (siRNA'lar), Piwi etkileşimli RNA'lar (piRNA'lar), küçük nükleolar RNA'lar (snoRNA'lar) ve diğer kısa RNA'lar gibi küçük kodlayıcı olmayan RNA'lardan ayırır.[3] Uzun araya giren/intergenik kodlamayan RNA'lar (lincRNA'lar), protein kodlayan genlerle örtüşmeyen lncRNA dizileridir[4]. Uzun kodlamayan RNA'lar, intergenik lincRNA'ları, intronik ncRNA'ları ve sens ve antisens lncRNA'ları içerir; her bir tip, genler ve eksonlarla ilişkili olarak farklı genomik pozisyonlar gösterir. [1][5]

Genomik Organizasyon

2005'te memeli genomunun manzarası, uzun intergenik boşluklarla ayrılan çok sayıda transkripsiyon 'odakları' olarak tanımlandı.[6] Bazı uzun ncRNA'lar intergenik uzantılar içinde yer alırken, çoğu örtüşen duyu ve antisens transkriptleridir, bunlar sıklıkla protein kodlayan genleri içerir[6], örtüşen izoformların karmaşık bir hiyerarşisine yol açar.[7] Bu transkripsiyonel odaklar içindeki genomik diziler, genellikle, duyu ve duyu karşıtı yönlerde bir dizi kodlayan ve kodlamayan transkript içinde paylaşılır[8] Örneğin, daha önce FANTOM2 içinde kesilmiş kodlama dizileri olarak açıklamalı 8961 cDNA'dan 3012'si daha sonra gerçek ncRNA olarak belirlenmiştir. protein kodlayan cDNA'ların varyantları.[7] Bu düzenlemelerin bolluğu ve korunması, biyolojik olarak ilgili olduklarını düşündürse de, bu odakların karmaşıklığı, kolay değerlendirmeyi engellemektedir.

GENCODE konsorsiyumu, kapsamlı bir insan lncRNA açıklamaları setini ve bunların genomik organizasyonunu, modifikasyonlarını, hücresel konumlarını ve doku ekspresyon profillerini derledi ve analiz etti. Analizleri, insan lncRNA'larının iki ekson transkriptlerine karşı bir önyargı gösterdiğini gösteriyor [9].

Fonksiyonlar

Memelilerdeki uzun kodlayıcı olmayan RNA'ların çoğunluğunun işlevsel olma ihtimalinin yüksek olduğuna dair birikmiş kanıtlara rağmen,[11] sadece nispeten küçük bir oranın biyolojik olarak alakalı olduğu gösterilmiştir. Bazı lncRNA'lar, LncRNAdb'de (lncRNA'ları tarif eden bir literatür veri tabanı)[12] işlevsel olarak açıklamalı olarak eklenmiştir ve bunların çoğu insanlarda tanımlanmıştır. Deneysel kanıtlara sahip diğer lncRNA'ların işlevleri, LncRNAWiki'de (insan lncRNA'larının topluluk küratörlüğü için wiki tabanlı, genel olarak düzenlenebilir ve açık içerikli bir platform)[13], LncBook'tan da erişilebilir.[14] Literatürlere dayalı olarak lncRNA'ların fonksiyonel mekanizmalarının kürasyonuna göre, lncRNA'ların yaygın olarak transkripsiyonel regülasyonda yer aldığı bildirilmektedir.[15] Bir başka büyük ölçekli dizileme çalışması, lncRNA'lar olduğu düşünülen birçok transkriptin aslında proteinlere çevrilebileceğine dair kanıt sağlar.[16]